2.溶液的pH值 溶液的pH值决定了物质的解离程度，也决定了带电粒子所带的净电荷。溶液的pH值离等电点愈远，则粒子所带的电荷愈多，电泳速度愈快。在分离某一蛋白质混合物时，应选择适宜pH值，以利于各蛋白质组分的分离。为了使溶液pH值在电泳过程中恒定，须使用缓冲溶液。
3.溶液离子强度 离子强度影响粒子的电动电位（ξ电位），不宜过高或过低，一般最适宜的离子强度在0.02～0.2mol/kg。
4.电渗 在电场作用下液体对固体支持物的相对移动称为电渗。由于电渗现象往往与电泳同时存在，所以带电粒子的移动同时受电渗影响。如电泳方向与电渗相反，则实际电泳的距离等于电泳距离减去电渗的距离。在选择支持物时应注意尽量避免选用高电渗作用的物质。
5.其它影响因素 缓冲液的粘度，缓冲液与带点粒子的相互作用以及电泳时的温度变化等因素也都影响电泳的速度。
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