一般均具次生构造。最外层大多为周皮。少数根类中药无周皮而有表皮或为后生表皮、后生皮层；这些根的内皮层均较明显。
双子叶植物维管束一般为无限外韧型。形成层连续成环；射线较明显；初生木质部位于中央。双子叶植物根一般无髓。另要注意，有无异常构造，存在部位和排列方式；
2.单子叶植物
根一般均具初生构造，最外层为一列表皮细胞，无木栓层，少数根的表皮细胞形成根被。皮层宽厚，内皮层及凯氏点通常明显。中柱与皮层的界限分明，直径较小。维管束为辐射型，韧皮部与木质部相间排列，呈辐射状，无形成层。髓部通常明显。
其次有无厚壁组织、分泌组织、草酸钙结晶等及其它们的存在部位、类型、多少等均是重要的鉴别特征之一。
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